Το υλικό το οποίο μελετά ο παθολογοανατόμος αφορά -κατά κύριο λόγο- βιοψίες, χειρουργικές επεμβάσεις, αναρροφήματα, βιολογικά υγρά και νεκροτομές.

Πρώτιστο και κύριο διαγνωστικό εργαλείο του παθολογοανατόμου αποτελεί η εξέταση του υλικού με το μικροσκόπιο σε τομές αιματοξυλίνης και εωσίνης και η εκτίμηση των ευρημάτων, η οποία βασίζεται αποκλειστικά στις γνώσεις και την εμπειρία του παθολογοανατόμου.

Η μέθοδος αυτή συμπληρώνεται και συνεπικουρείται - σε ολοένα αυξανόμενο βαθμό - από πολλές νέες εξειδικευμένες διαγνωστικές τεχνικές, όπως ανοσοϊστοχημεία, ιστοχημεία, ενζυματικές τεχνικές, μέθοδοι γενετικής, μέθοδοι μοριακής βιολογίας.

Με βάση τις σύγχρονες διαγνωστικές πρακτικές σε πολλές περιπτώσεις απαιτούνται ποικίλοι συνδυασμοί των παραπάνω εφαρμογών.

Το Παθολογοανατομικό Εργαστήριο διαθέτει τη δυνατότητα εκτέλεσης των συχνότερα εφαρμοζόμενων από τις παραπάνω εξειδικευμένες μεθόδους.

Σημαντική διεργασία κατά την καθημερινή άσκηση της παθολογικής ανατομικής αποτελεί η αποκαλούμενη ταχεία βιοψία ή διεγχειρητική συμβουλευτική γνώμη, όπως είναι η ορθή περιγραφή της.

Η ταχεία βιοψία διενεργείται κατά τη διάρκεια του χειρουργείου, μπορεί να προσφέρει άμεση διαγνωστική κατεύθυνση και εφαρμόζεται όταν το αποτέλεσμά της αναμένεται να τροποποιήσει τη χειρουργική επέμβαση (π.χ. ο χειρουργός θα προχωρήσει σε αφαίρεση των λεμφαδένων της μασχάλης σε περίπτωση καρκίνου του μαστού ή όχι).

Αυτονόητα απαιτεί το υψηλότερο δυνατό επίπεδο εμπειρίας και ευαισθητοποίησης σχετικά με το εξεταζόμενο υλικό εκ μέρους του παθολογοανατόμου

Σημασία των παθολογοανατομικών εξετάσεων

Με βάση τα πορίσματα των παθολογοανατομικών εξετάσεων:

• Τίθεται για πρώτη φορά ή επιβεβαιώνεται η τελική διάγνωση των διαφόρων νοσημάτων.
• Καθορίζεται ή τροποποιείται η θεραπευτική αντιμετώπιση των ασθενών (πχ έλεγχος του Her2 προκειμένου να χορηγηθεί ή μη το φάρμακο Herceptin σε περίπτωση καρκίνου του μαστού).
• Παρακολουθείται το αποτέλεσμα της θεραπευτικής αντιμετώπισης
• Καταβάλλονται ασφαλιστικές αποζημιώσεις.